Mit Einführung der EG-Wasserrahmenrichtlinie (2000/60/EG vom 23.10.2000; WRRL) wird ein ganzheitliches Schutz- und Nutzungskonzept für die europäischen Oberflächengewässer verfolgt. Ein Ziel ist das Erreichen des mindestens guten ökologischen Zustandes, der definiert ist als "geringfügige Abweichung von den typspezifischen natürlichen Bedingungen". Der ökologische Zustand eines Wasserkörpers wird hauptsächlich auf der Grundlage der Zusammensetzung der aquatischen Lebensgemeinschaft (Artenzusammensetzung und Häufigkeiten) bestimmt, da diese die Gesamtheit aller Einflussfaktoren und Störgrößen widerspiegelt.

Die WRRL legt für morphologisch erheblich veränderte und "künstliche" Gewässer als Ziel das sogenannte gute ökologische Potenzial fest. Dieses weniger anspruchsvolle Ziel nimmt darauf Rücksicht, dass aufgrund der Nutzung in solchen Gewässern nicht alle natürlicherweise vorkommenden Habitate wieder hergestellt werden können.

Die räumliche Bezugsebene der Gewässerbewertung nach WRRL stellen die Wasserkörper dar. Ein Wasserkörper ist ein einheitlicher und bedeutender Abschnitt eines Oberflächengewässers.

Die Bewertung erfolgt in den fünf Klassen (1 = sehr gut, 2 = gut, 3 = mäßig, 4 = unbefriedigend, 5 = schlecht). Die biologische Qualitätskomponente mit der schlechtesten Bewertung bestimmt die ökologische Zustandsklasse („Worst-Case-Prinzip“).

Zur Zustandsbewertung werden grundsätzlich die biologischen Qualitätskomponenten Phytoplankton (im Wasser freischwebende Algenarten und Cyanobakterien), Makrophyten und Phytobenthos (Wasserpflanzen und auf dem Substrat aufwachsende Algenarten), Makrozoobenthos (mit bloßem Auge erkennbare Tiere der Gewässersohle) sowie Fische herangezogen, soweit sie für den jeweiligen Gewässertyp relevant sind. Informationen zu den Untersuchungsverfahren der biologischen Qualitätskomponenten sind zu finden unter:  https://www.gewaesser-bewertung.de/ und https://www.wasserblick.net/servlet/is/42489/.

Dargestellt werden Bewertungsklassen, denen die Zustands- und Potenzialbewertungen der Wasserkörper zu Grunde liegen. Für die biologischen Qualitätskomponenten Makrozoobenthos und Fische liegen Potenzialbewertungen seit 2015 vor.

zu 1) Die Fließgewässer werden ab einem Einzugsgebiet von mindestens 10 km² bewertet. Die Flüsse und Bäche in Deutschland sind in 8.924 Wasserkörper untergliedert. Zur Zustandsbewertung in Fließgewässern können weitere unterstützende Qualitätskomponenten für die Bewertung entscheidende Hinweise auf mögliche Belastungen und ökologisch wirksame Defizite liefern. So sollten beispielsweise die Werte für physikalisch-chemische Parameter, wie Nährstoffgehalte, Temperatur oder Salzgehalte in einem Bereich liegen, der die Funktionsfähigkeit des Ökosystems gewährleistet. Bei den hydromorphologischen Qualitätskomponenten sind der Wasserhaushalt, die Durchgängigkeit und die Morphologie bewertungsrelevant. Ferner kann der ökologische Zustand bestenfalls mit „mäßig“ bewertet werden, wenn die Umweltqualitätsnorm eines regional bedeutenden Schadstoffes (flussgebietsspezifische Schadstoffe) nicht eingehalten wird.

zu 2) Die Seen werden ab einer Größe von mindestens 0,5 km² bewertet. In Deutschland gibt es 710 Oberflächenwasserkörper für natürliche und künstliche Seen sowie Talsperren, die zusammen eine Fläche von insgesamt 2003,6 km² haben. Die Bewertung der Seen und Talsperren stützt sich zurzeit hauptsächlich auf die Komponenten Phytoplankton und Makrophyten/Phytobenthos. Da der Hauptbelastungsfaktor bei den Seen zu hohe Nährstoffeinträge sind, ist eine gesicherte Bewertung anhand dieser beiden trophiebeschreibenden Lebensgemeinschaften möglich. Natürliche Seen werden in einigen Bundesländern aber auch anhand der Fischfauna und des Makrozoobenthos bewertet.

Zur Zustandsbewertung der Seen können weitere unterstützende Qualitätskomponenten für die Bewertung entscheidende Hinweise liefern. So sollten beispielsweise die Werte der physikalisch-chemischen Parameter, wie die Nährstoffgehalte und insbesondere die Phosphorkonzentrationen in einem Bereich liegen, der die Funktionsfähigkeit des Ökosystems gewährleistet. Ferner kann der ökologische Zustand bestenfalls mit "mäßig" bewertet werden, wenn die Umweltqualitätsnorm eines regional bedeutenden spezifischen Schadstoffes nicht eingehalten wird.

Folgende Abbildung gibt einen Überblick über die den ökologischen Zustand bestimmenden Parameter: